La Academia Politécnica Aeronáutica, APA, es el plantel de educación superior que posee la Institución en el ámbito de la Ingeniería y campos especializados específicos requeridos por la Institución. Los alumnos del plantel son Oficiales recién egresados de la Escuela de Aviación, que en el instituto reciben los conocimientos de nivel universitario que les permite graduarse finalmente con el título de Ingeniero.

Asimismo, los cursos de especialización que imparte la Academia están orientados a los Oficiales subalternos quienes, luego de cumplir con las exigencias del curso respectivo, obtienen su certificado acreditando su especialización.

En este marco, la Academia imparte las carreras de Ingeniería Aeronáutica, cuyo propósito es formar Oficiales con conocimientos en ciencias y tecnología aeronáutica; Ingeniería en Administración, para capacitarlos en los procesos relacionados con la administración y empleo de los recursos humanos, materiales y financieros institucionales; e Ingeniería Electrónica, que forma Oficiales con las competencias necesarias para desempeñarse en áreas de diseño, desarrollo, administración y mantenimiento de Sistemas Electrónicos.